Contabilitatea pentru societatile/entitatile care au accesat fonduri europene este tinuta separat cu ajutorul conturilor analitice si pe proiecte distincte, astfel incat reflectarea lor in documentele contabile si balanta sa fie usor de identificat si verificat. Inregistrarile contabile aferente proiectului trebuie efectuate de catre un expert contabil sau de catre un cabinet de expertiza contabila/societate, oligatoriu membru CECCAR, pe toata durata desfasurarii proiectului.
Stabilirea procedurilor contabile pentru derularea fondurilor nerambursabile se fac prin stabilirea tratamentului contabil aplicat subventiilor aferente veniturilor cat si subventiilor aferente activelor. Societatile trebuie sa organizeze evidenta interna conform cerintelor specifice trecute in caietul de sarcini ale proiectului, si sa respecte clauzele cuprinse in contractele incheiate cu respectarea legislatiei in vigoare.